平成9年4月病理部新設
| 昭和19年4月 | 山口県立医学専門学校設置 |
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| 昭和22年6月 | 山口県立医科大学設置認可、同時に予科開設 |
| 昭和23年11月 | 附属病院第1期工事竣工 |
| 昭和32年11月 | 附属病院本館2階を病棟に改修し、535床に増床 |
| 昭和38年10月 | 皮膚泌尿器科を皮膚科、泌尿器科に分離 |
| 昭和42年6月 | 附属病院創設（国立移管） |
| 厚生省収医第248号をもって病院の開設承認 （14診療科・病床数750床） 診療科：第一内科、第二内科、精神科神経科、小児科、第一外科、第二外科、整形外科、皮膚科、泌尿器科、眼科、耳鼻咽喉科、放射線科、産科婦人科、歯科 |
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| 昭和43年4月 | 第三内科新設（15診療科） |
| 昭和44年4月 | 麻酔科新設（16診療科） |
| 昭和45年1月 | 病床数759床に変更 |
| 昭和45年4月 | 輸血部新設 |
| 昭和47年5月 | 脳神経外科新設（17診療科） |
| 昭和48年4月 | 材料部新設 |
| 昭和49年7月 | 伝染病棟を廃止し、共通病棟と改称 |
| 昭和50年10月 | 放射線部新設 |
| 「歯科」を「歯科口腔外科」と改称 | |
| 昭和51年5月 | 文部省令第18号により附属病院に看護部設置 |
| 昭和51年10月 | 理学療法部新設 |
| 昭和52年10月 | 分娩部新設 |
| 昭和55年4月 | 事務部を3課制（総務課、管理課、医事課）に改組 |
| 集中治療部新設 | |
| 昭和57年4月 | 救急部新設 |
| 文部省令第4号により附属看護学校廃止 | |
| 昭和58年4月 | 医学部及び附属病院事務部を統合し、医学部事務部（総務課、管理課、学務課、医事課）に改組 |
| 昭和63年4月 | 神経内科新設（18診療科） |
| 平成元年5月 | 「麻酔科」を「麻酔科蘇生科」と改称 |
| 平成2年3月 | MR（磁気共鳴）棟竣工 |
| 平成2年6月 | 総合診療部新設 |
| 平成2年10月 | 総合治療センター設置 |
| 母子医療センター設置 | |
| 平成5年4月 | 附属病院分娩部（母子医療センター）を廃止し、周産母子センター設置 |
| 平成6年1月 | 特定機能病院の承認 |
| 平成8年5月 | 附属病院医療情報部新設 |
| 平成9年3月 | 新中央診療棟竣工 |
| 平成11年4月 | 循環器科、心療内科、アレルギー科、心臓血管外科、リウマチ科設置 |
| 院内学習室（院内学級）設置 | |
| 救急部を廃止し、先進救急医療センター設置（文部省） | |
| 平成11年10月 | 附属病院結核病床15床を一般病床に種別変更 |
| 救命救急センターの設置承認（山口県） | |
| 平成12年3月 | 高度救命救急センターの設置承認（山口県） |
| 救急外来の新設 | |
| 平成13年4月 | 治験管理センター設置 |
| 平成15年4月 | 光学医療診療部設置 |
| 山口大学教育研究施設の再編に伴い、附属実験施設（附属動物実験施設、RI実験施設、実験実習機器センター）を山口大学総合科学実験センターに統合 | |
| 平成16年4月 | 国立大学法人へ移行 |
| 平成16年7月 | 栄養管理室を附属病院栄養治療部へ改組 |
| 平成18年4月 | 感染制御室設置 |
| 外来腫瘍治療部設置 | |
| 平成18年9月 | 病床数737床に変更 |
| 平成18年10月 | 腫瘍センター設置 |
| 平成19年1月 | がん診療連携拠点病院に指定 |
| 平成19年4月 | 病床数736床に変更 |
| 平成19年6月 | 消化器科、呼吸器科、呼吸器外科、小児外科設置 |
| 平成19年9月 | 高度救命救急センターの改修 |
| 平成20年5月 | 臨床検査科設置 |
| 平成20年12月 | 病院機能評価（Ver5.0）認定 |
| 平成21年2月 | 山口県肝疾患診療連携拠点病院に指定 |
| 平成21年6月 | クリニカルスキルアップセンター設置 |
| 平成21年10月 | 肝疾患センター設置 |
| 平成22年4月 | 放射線治療部設置 |
| 平成23年1月 | ドクターヘリ運航開始 |
| 平成23年4月 | 総合周産期母子医療センターに指定 |
| 平成23年10月 | 医療人育成センター設置 |
| 平成24年3月 | 地域医療教育研修センター竣工 |
| 平成25年2月 | 放射線治療科設置 |
| 平成26年4月 | 「臨床研究支援センター」を「臨床研究センター」と改称 |
| 二次被ばく医療機関に指定 | |
| 病院機能評価（3rd G:Ver.1.0） 一般病院２認定 | |
| 病理診断科設置 | |
| 平成26年6月 | 救急科設置 |
| 平成27年2月 | リハビリテーション科設置 |
| 平成27年4月 | 呼吸器・感染症内科設置 |
| 入退院センター設置 | |
| 「感染制御室」を「感染制御部」へ改組 | |
| 「医療安全推進室」を「医療安全推進部」へ改組 | |
| 外来診療棟横立体駐車場竣工 | |
| 平成27年9月 | 難病対策センター開設 |
| 平成28年3月 | 緩和ケアセンター設置 |
| 平成28年4月 | 「病理部」を「病理診断科」と改称 |
| 地域医療システム学研究センター設置 | |
| 平成28年10月 | 附属病院保育所新営 |
| 平成29年3月 | 地域医療システム学研究センター廃止 |
| 平成29年9月 | 広報戦略センター設置 |
| 平成30年1月 | 臨床教育センター設置 |
| 平成30年4月 | 医学系研究科・医学部附属病院AIシステム医学・医療研究教育センター設置 |
| 「血液浄化療法室」を「血液浄化療法センター」と改称 | |
| 平成30年7月 | 「医療安全推進部」を「医療の質・安全管理部」と改称 |
| 平成30年12月 | 「神経内科」を「脳神経内科」と改称 |
| 平成31年3月 | Ａ棟（新病棟）竣工 |
| 平成31年4月 | 形成外科設置 |
| 診療連携室、患者相談室、入退院センターを統合し、患者支援センター設置 | |
| ＱＩセンター設置 | |
| 「遺伝診療部」を「遺伝・ゲノム診療部」と改称 | |
| 令和元年6月 | 附属病院 A棟（新病棟）開院、病床数756床に変更 |
| 令和2年3月 | 附属病院が災害拠点病院に指定 |
| 附属病院が新生児ドクターカー「すくすく号」運行開始 | |
| 附属病院女性診療外来を廃止 | |
| 病院機能評価(3rd G:Ver.2.0) 一般病院３認定 | |
| 令和2年4月 | 附属病院が都道府県アレルギー疾患医療拠点病院に指定 |
| 令和4年3月 | 原子力災害拠点病院に指定 |
| 令和4年4月 | アレルギーセンター設置 |
